Самый крупный российский поисковик возник не на пустом месте, он появился в небольшой компании «Аркадия», где работали будущие создатели поисковика, разрабатывая системы поиска по различным источникам: Библии, МКТУ и Международному классификатору изобретений. Некоторые разработанные программы пользовались популярностью.
В 1993 году появилось само слово «Яндекс» — это акроним от выражения «yet another indexer». Один из основателей Аркадий Волож предложил писать название как «Яndex». Самая первая версия программы была создана для поиска на жестких дисках компьютера. В этом же году «Аркадия» входит в состав компании «CompTek», занимавшейся продажей компьютерной техники.
Рождение интернет-поисковика произошло в 1997 году. В сентябре на московской выставке Softool посетители могли познакомиться с системой Yandex.ru, которая осуществляла поиск по сайтам рунета. В то время с сети было около 5000 русских сайтов, на которых было проиндексировано 4 Гб текста. В то время Яндекс уже умел учитывать морфологию русского языка, а также, на каком расстоянии находятся слова друг от друга.
Через год компания запустила первый контекстный баннер, теперь реклама стала более узконаправленной.
Официально компания Яндекс была зарегистрирована в 2000 году. В это же время система начала вести параллельный поиск не только на сайтах, но и в других базах банных (новостях, товарах и т.д.), а также были открыты новые сервисы: новости, каталог, товары, почта и другие. В 2001 был запущен Яндекс.Директ – сервис, при помощи которого можно было размещать рекламу в Яндекс без посредников. Также с 2001 по 2008 год проводился кубок по поиску в интернете.
В 2002 Яндекс стал самоокупаемым. Одним из основных факторов, способствовавших этому, стал все возрастающий интерес к контекстной рекламе. Уже в следующем году компания выплатит первые дивиденды акционерам. Сервис Яндекс.Товары становится Яндекс.Маркет, в нем представлены товары более чем 150 магазинов. Появляется сервис Яндекс.Картинки для поиска изображений, компания запускает собственную платежную систему. В это время интернетом пользуется уже 8% россиян, количество поисковых запросов превышает 2 миллиона.
В 2005 году Яндекс выходит за пределы страны и открывает филиал в Одессе. Формируется рекламная сеть Яндекса. Интернетом в России пользуются более 21 миллиона человек. В 2006 запускается сервис Яндекс.Пробки. Год спустя Яндекс открывает бесплатную двухгодичную «Школу анализа данных», которая позволяет подготавливать новых специалистов для развития отрасли. В этом же году появляется Яндекс.Метрика.
В 2008 Яндекс меняет логотип. Теперь «Яндекс» полностью пишется кириллицей. Открывается первый коммерческий офис в столице Урала. Также компания выходит на рынок Казахстана, а через два года и в Беларусь.
2010 оказался очень богат на новые проекты: компания создала собственную антивирусную технологию, запустила сервис для стартапов, а также музыкальные сервис. Также было проведена первая «Yet another Conference», которая впоследствии стала ежегодной конференцией it-специалистов.
В 2011 компания разместила свои акции на бирже Нью-Йорка. Также была запущена новая технология – крипта, позволяющая по поведению в сети понять, кем является пользователь – домохозяйкой или бизнесменом. Также стал проводиться новый чемпионат для программистов Яндекс.Алгоритм. В 2012 был выпущен собственный браузер.
В последние годы Яндекс начал сотрудничество с CERN и Высшей школой экономики. Также компания предлагает услуги по обработке больших объемов данных.